Die wichtigste prophylaktische Maßnahme zum Schutz der Bevölkerung bei einer Influenzapandemie ist die Impfung. Bis allerdings ein Impfstoff gegen das Pandemievirus zur Verfügung steht, vergehen mindestens 4 bis 6 Monate. Diese Zeitspanne soll durch den Einsatz antiviraler Medikamente zur Behandlung Erkrankter und zur Prophylaxe für ausgewählte Personengruppen überbrückt werden. Dementsprechend haben die Bundesländer Vorräte an antiviralen Medikamenten (Oseltamivir, Zanamivir) angelegt. Die Wirksamkeit dieser Neuraminidasehemmer in der Behandlung und Vorbeugung der saisonalen Influenza wurde in Studien und in der klinischen Praxis hinreichend belegt. Es zeigte sich jedoch, dass zur effektiven Kontrolle einer H5N1-Infektion (hochpathogenes aviäres Influenzavirus) höhere Wirkstoffkonzentrationen erforderlich sind.
Eine Voraussetzung für den Einsatz der Virustatika im Pandemiefall ist die Beachtung möglicher Resistenzentwicklungen. So werden überraschender Weise seit der Saison 2007/2008 zunächst in Europa, derzeit weltweit, von unbehandelten Patienten in hohen Prozentsätzen A(H1N1)-Viren isoliert, die gegen Oseltamivir resistent sind. Inwieweit dies Auswirkungen auf ein potentielles Pandemievirus hat, ist unklar.
Ein anderes Konzept der Pandemievorbereitung besteht in der prä-pandemischen Impfung mit einer Vakzine, die dem vermuteten Impfvirus ähnelt und eine heterotypische Immunität erzeugt. Sie kann zum „Priming“ von Personengruppen mit besonders hohem Infektionsrisiko genutzt werden